1、定義不同：
光學(xué)顯微鏡是利用光學(xué)原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供人們提取微細結構信息的光學(xué)儀器。
全自動(dòng)掃描電子顯微鏡技術(shù)的應用是建立在光學(xué)顯微鏡的基礎之上的，光學(xué)顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說(shuō)透射電子顯微鏡在光學(xué)顯微鏡的基礎上放大了1000倍。
2、分類(lèi)不同：
光學(xué)顯微鏡有多種分類(lèi)方法，按使用目鏡的數目可分為三目，雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體視覺(jué)和非立體視覺(jué)顯微鏡；按觀(guān)察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學(xué)原理可分為偏光，相襯和微分干涉對比顯微鏡等。
全自動(dòng)掃描電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發(fā)射式電子顯微鏡等。
3、組成結構不同：
顯微鏡的光學(xué)系統主要包括物鏡、目鏡、反光鏡和聚光器四個(gè)部件。廣義的說(shuō)也包括照明光源、濾光器、蓋玻片和載玻片等。
全自動(dòng)掃描電子顯微鏡由鏡筒、真空裝置和電源柜三部分組成。
4、和光學(xué)顯微鏡及透射電鏡相比，掃描電鏡具有以下特點(diǎn)：
1、能夠直接觀(guān)察樣品表面的結構，樣品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。
2、樣品制備過(guò)程簡(jiǎn)單，不用切成薄片。
3、樣品可以在樣品室中作三度空間的平移和旋轉，因此，可以從各種角度對樣品進(jìn)行觀(guān)察。
4、景深大，圖象富有立體感。掃描電鏡的景深較光學(xué)顯微鏡大幾百倍，比透射電鏡大幾十倍。
5、圖象的放大范圍廣，分辨率也比較高?？煞糯笫畮妆兜綆资f(wàn)倍，它基本上包括了從放大鏡、光學(xué)顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。分辨率介于光學(xué)顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。
6、電子束對樣品的損傷與污染程度較小。
7、在觀(guān)察形貌的同時(shí)，還可利用從樣品發(fā)出的其他信號作微區成分分析。
